连续流动化学始于两种以上的物料—比如起始反应物。这些物料流以设定流速用泵打入一反应舱室、反应管、有时是一个具有使流动物料进行混合和反应的数多小槽的微型反应器。流进反应舱室的不同反应物料在此进行混合和反应。由于这些微型反应器的舱室或管的体积非常小，仅需小量的物料进行反应。
对连续流动反应的监测要求监测技术能在流动的流体中分辨不同反应组分。与微型流动池相匹配的反应红外仪（ReactIR）是一适宜的技术。ReactIR基于FTIR光谱并结合（变角）衰减全反射（ATR），是用于原位测量和跟踪反应组分的理想工具。
根据反应动力学和物料流速，需要保证反应物料在微型反应器中达到某一特定的停留时间，从而获得预期的反应转换率。相继，从微型反应器出口流出的物料用烧瓶或其它适当的容器收集起来。
物料通过高压输液泵输送到微反应器中，在高压密闭的微通道管路中，通过温度控制，使合成反应能够快速完成并大大提高收率，背压阀能够人为控制反应器内压力，物料在出口处通过在线检测器检测合成结果，经过检测后的产品可通过样品采集器按预设的收集条件收集到不同的容器中。整个反应系统可通过管理软件实现自动控制，具有方法建立、模块搭建、模块参数设置，全反应过程参数实时监控，数据追溯，用户管理及智能专家数据库等功能，专用管理软件可将整个反应体系效率发挥出来。
